JA上伊那は5月28日、伊那市狐島のJA本所で第25回通常総代会を開いた。昨年と同様、新型コロナウイルス感染拡大防止の観点から、総代には書面議決による議決権の行使を依頼。事前に総代会資料を送付するとともに、5月18日～21日かけて支所で計18回の支所運営委員会を開催し、動画上映による総代会提出議案の説明を行った。
当日は総代定数530人のうち本人出席30人、書面出席480人の510人が出席。令和2年度事業報告、事業報告の附属明細書及び剰余金処分案の承認について、役員の選任についてなど全8議案を可決した。
令和2年度は12年ぶりに台風上陸はなかったものの、記録的な暖冬に始まり、4月の低温、7月の長雨、梅雨明け後の猛暑などといった不安定な気象により一部農産物に被害が発生した。また、新型コロナウイルス感染症の影響によるイベント自粛により花卉や畜産を中心に価格、消費に大きな影響を受け、農畜産物販売高は130億7,329万円（前年対比95.7％）と、前年を下回ったが、当期未処分剰余金は計画を上回る5億4,766万円を計上した。
令和3年度は「食と農で笑顔が生まれる上伊那づくり」をめざした長期構想・3ヵ年計画の最終年度。農産物直売所「ファームテラスみのわ」の新規オープン、営農センターの機能向上、共済部門の契約管理センター・オンライン窓口の設置、情報管理担当の配置、キャッシュレス・ペーパーレスなどデジタル化に対応し、業務効率化とサービス向上に取り組む。
また今年は任期満了（3年）に伴う役員改選が行われ、理事28名（再任15名、新任13名）、監事6名（再任3名、新任3名）が選任された。
御子柴茂樹組合長は「新型コロナウイルス感染症拡大や農協改革など厳しい環境の中ではあるが『地域になくてはならないJA』として1円でも多く生産者の手取りが増えるように組織をあげて取り組んでいく」とあいさつした。